その後、少し間が空き、1997年、『とんぼ』の続編として放送された単発ドラマ『英二ふたたび』（フジテレビ系）、さらに長渕主演のドラマ『ボディーガード』（テレビ朝日）でコンビは再び共闘。長渕ファンにはよく知られた話だが、1990年に長渕がリリースした『浦安の黒ちゃん』という曲は、黒土さんとの親交を歌った曲で、一時期は長渕のライブでもよく披露されていた。
そんな蜜月関係にあった2人の間に亀裂が入ったのは、1999年のこと。
『とんぼ』や『英二ふたたび』の“その後”を描いた作品として制作が開始された、映画『英二』は、黒土さんが監督、脚本、原作をつとめ、主演はもちろん長渕。かねてより「小川英二を演じるのは僕のライフワーク」と公言していた長渕にとっても、久々の黒土さんとの映画に気合いが入っていた。
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同作のなかでは、ヤクザ組織に売春をさせられていた中国人女性・メイホアを英二が助け、英二に惚れたメイホアが「私を抱いて」と懇願するシーンがある。そのシーンの演出をめぐって、長渕と黒土さんは対立してしまったのだ。
長渕はそのときの様子を、2003年に自身のラジオ番組『長渕剛のオールナイトニッポンフライデースペシャル・今夜もバリサン』のなかで、こう語っている。
《黒土監督との衝突のいちばんの要因っていうのは、やっぱりシナリオの変更ですよ。シナリオに書かれてることを俺が変更したってことじゃなくて、『英二』の映画の中に注がれてる英二像、ダンディズムと、それから黒土イズム、黒土さんの中に注がれてる男の美学、ダンディズムっていうのが、やっぱりちょっと違ってた。それは、女性観が違ってたわけよ》
メイホアが、英二に抱いてほしいと懇願するシーンについて「なんで抱かないんだ？ 抱けよ」と主張する黒土さんと、ストーリーの基本軸や英二の美学的にも「ここで抱くのは違う」とする長渕の主張は、最後まで合わなかったという。長渕は、同番組でこうも語っている。
《そういった意味で（黒土さんは）結局、『俺は長渕にシナリオを変えられた』『監督としての尊厳をあいつは持ってない』とかいうような、そういうところに陥っていくのかもしれないし、俺は俺の主張がまたあるわけだし》
その結果、折衷案を出すとなると、演者である長渕側が加害者になってしまうと、役者という立場のつらさを吐露していた。
結局、この件で2人の間には決定的な溝が生まれ、以降の交流は途絶えてしまったといわれている。
先述した『浦安の黒ちゃん』の歌詞によれば、かつては屋台でうどんをすすり合うほどの仲だったという2人。「小川英二」をともに生み出し、自身の役者としての道を確立させてくれた盟友の死去に、長渕は何を思うのだろうか。
